En 1952, il rejoint Brazzaville où il devient employé des PTT. Sur les conseils d’un de ses nouveaux collègues, il intègre à cette époque la franc-maçonnerie. En s’impliquant dans les congo bongo législatives de 1961, il est repéré par Jean-Hilaire Aubame, ministre des Affaires étrangères, qui l’intègre à son cabinet.

En février 1964, Albert Bongo est arrêté et interné au camp Baraka de Libreville à la suite d’un coup d’État militaire visant à placer Jean-Hilaire Aubame au pouvoir. En septembre 1965, il est nommé ministre délégué à la présidence, chargé de la Défense et des Affaires étrangères. En 1973, il se convertit à l’islam et devient El Hadj Omar Bongo. Son principal opposant, Germain Mba, est assassiné en 1970 à Libreville, par deux mercenaires français.

En 1977, un nouvel opposant, le poète Ndouna Depenaud, est assassiné dans des conditions mystérieuses. Dans les années 1980, le Gabon est victime d’une crise économique qui oblige son président à faire appel à la France. En 1990, Omar Bongo, à la suite d’une grève générale initiée par une révolte étudiante, est néanmoins poussé à organiser une conférence nationale à l’issue de laquelle il accepte la restauration du multipartisme et diverses réformes démocratiques. Il nomme alors Premier ministre l’opposant Casimir Oyé Mba. En décembre 1993, il concourt à sa première élection présidentielle concurrentielle.

Omar Bongo en compagnie du président russe, Vladimir Poutine, en avril 2001. En 1994, il s’oppose vainement à la dévaluation du franc CFA. Dans les années 2000, Omar Bongo profite d’une nouvelle flambée du prix du baril de pétrole. La dette extérieure gabonaise demeure cependant très importante. En 2004, il ajoute le nom de son père au sien et devient Omar Bongo Ondimba.

Omar Bongo serait mort le 7 mai 2009, et sa mort n’aurait été rendue publique que plus tard pour des raisons politiques et de convenances de la famille. Omar Bongo est enterré le 18 juin 2009 à Franceville, capitale du Haut-Ogooué, sa région natale. Il avait pour habitude de recevoir dans son bureau les principaux responsables politiques français et avait la réputation de faire preuve de largesses sans souci de couleur politique. Omar Bongo  met tous ses espoirs en Jacques Chirac et pense qu’il faut continuer à l’aider .